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-- topoisomerase class
-- subclass of type II topoisomerases
-- tetrameric
-- pronounced specificity to DNA substrates
-- SGS = strong gyrase binding sites
-- SGS is found in some phages and plasmids
-- target of many antibiotics -> nalidixic acid -> novobiocin -> ciprofloxacin
-- reduces topological strand during unwinding
-- ATP-dependent manner
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-- moves in front of the progressing replication fork on DNA
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Happy to share a new SQUARNA preprint and a companion web resource from our group at IMol.We’ve just released a new SQUARNA preprint:https://doi.org/10.64898/2026.06.30.735492 Alongside it, we are launching the LaRNAl Platform:https://larnal.imol.institute/ SQUARNA is an RNA 2D structure prediction method based on a variant of the base pair maximization framework. It supports both single-sequence and alignment-based prediction and can handle pseudoknotted structures as well as alternative conformations. It also integrates structural restraints and chemical probing data and can identify Rfam templates, G-quadruplex patterns, and even protein-binding motifs!The method is implemented through multiple algorithmic variants, including the classical Nussinov algorithm, which shows state-of-the-art performance with our scoring scheme, and the Edmonds algorithm, a polynomial-time approach for pseudoknot prediction (yes - it’s not NP-hard under base pair maximization!).The LaRNAl Platform currently provides a web interface for SQUARNA, enabling analysis of individual RNA sequences with beautiful 2D visualizations powered by RFviewJS (https://github.com/dincarnato/RFviewJS) by Danny Incarnato and RNAcanvas (https://github.com/pzhaojohnson/rnacanvas).More tools from the lab will be integrated into the platform soon, including R3FOLD, our upcoming RNA 3D structure prediction method, expected in late 2026.Feedback and discussion are very welcome, and stay tuned for more!Many thanks to Maksim Serdakov (IMol), Grigory Nikolaev, Davyd Bohdan, and Janusz Bujnicki (International Institute of Molecular and Cell Biology in Warsaw), and of course EMBO and NCN National Science Centre!#RNA #SQUARNA #LaRNAl #LaRNAlP #Structure #Prediction #Bioinformatics #StructuralBiology #ComputationalBiology
トーマス・インセル:精神疾患の新たな理解に向けて
TEDにて
トーマス・インセル:精神疾患の新たな理解に向けて
(詳しくご覧になりたい場合は上記リンクからどうぞ)
今日、早期発見や早期加療のおかげで、数十年前と比べ心臓病による死亡は63%も減少している。白血病に至っては、30年前なら助からなかった人達が、今では、ほとんど助かる可能性のある病気になっています。
HIVウイルスも絶対に治らない致死率の高い病気から重病というレベルにまで減少しています。逆に、自殺の方が相対的に致死率?が増加しています。交通事故などよりもです。
そこで、発想の転換で「うつ病やPTSD、統合失調症患者にも、同じ事ができないだろうか?」アメリカ国立精神衛生研究所の所長を務める、トーマス・インセルはそう考えた。
PTSD(心的外傷後ストレス障害)とは、危うく死ぬ。または、重症を負うような出来事の後に起こる、心に加えられた衝撃的な傷が元となる、様々なストレス障害を引き起こす疾患のこと。
この新たな研究への第一歩は、「『精神病』と考えるのを止め、『脳の障害』だと認識する」という重要な概念の再構築でした。
まず良いニュースから始めましょう。良いニュースと言うのは、生物医学研究によって多くの重症疾患の治療成果に変化が表れている事をご存知でしょうか?
白血病から見ていきましょう。急性リンパ性白血病(ALL)は、小児がんで最も多く、私が学生の頃の死亡率は、約95%でした。
25年、30年が経った今日、死亡率は85%も下がりました。以前なら助からなかった6000人もの子ども達が、毎年 助かっています。
より、大きな数値は心臓病に見られます。心臓病はかつて最大の死因でした。特に、40代の男性です。今日、心臓病による死亡率は63%も低下しています。
実に、年間110万人もが死なずに済んでいるのです。HIVは、なんとこの数カ月で慢性疾患と呼ばれるようになりました。
というのも、HIVに感染した20歳の人は、数週間、数か月、数年も生きられない。わずか、10年前まではそう言われていたのです。しかし、今は、何十年も生きられると考えられています。
恐らく、60代、70代が寿命で死因は合併症によるものでしょう。いくつかの主な死因の見通しにおいてこれらの変化は本当に驚くべきものです。
とりわけ、皆さんは、あまりご存じないかもしれませんが、脳卒中は、心臓病と並び、長い間。国内最大の死因のひとつでした。
今では、発症から3時間以内に緊急治療室で処置を受ければ、患者の30%ほどが何の後遺症もなく退院できます。
驚くべきストーリー。明るいニュースです。つまるところ、それらは全てある病気を早期発見、早期治療ができたという話なのです。早期発見、早期治療。それこそが、これらの成功の種なのです。
残念ながら、良いニュースばかりではありません。もうひとつお話しましょう。自殺についてです。もちろん、自殺自体は病気とは言えませんね。
死に至ってしまう状態や状況の事です。どれほど蔓延しているか?ご存じでない方が多いかもしれません。
毎年、アメリカでは、3万8000人の自殺者が出ています。約15分に1人の割合です。15歳~25歳の若者の間で3番目に最も多い死因です。考えてみれば、衝撃的な事実です。(日本も同様に多い死因です)
殺人事件の2倍も多く。さらに、この国の主な死亡原因である交通事故死よりも多いのです。さて、自殺には、医学的要因があります。自殺の90%が精神疾患と関連があるからです。
うつ病、双極性障害、統合失調症、拒食症、境界性人格障害、要因は沢山あります。しかも、多くは人生の早い段階でのことです。
しかし、問題は、障害による死亡率だけではなく疾病率です。障害について見てみると、これらの数値は世界保健機関(WHO)が、障害調整生命年(DALYs) という。
専門的な測定法を使用して算出されています。経済学者。または、医学的原因による障害により、失われた年数を導く目的以外では使われない指標です。
ご覧の通り、実に、30%もの身体障害の医学的要因は精神障害や精神医学的症候群なのです。
「何を言っているんだ?」そう思うでしょう。がんや心臓病の方が遥かに深刻そうですが、しかし、これらはリストのずっと下位にあり、なぜなら、これは身体障害についてだからです。
何が統合失失調症や双極性障害やうつ病などの精神病を引き起こすのでしょうか?なぜそれらが最も多いのでしょう。
恐らく、理由は3つ。第1に、非常に蔓延していると言う事。約5人に1人が人生のどこかでいずれかの病気に苦しむでしょう。
第2に、そのうちの何人かは本当に何もできなくなってしまう人もいます。約4~5%。恐らく、20人に1人の割合です。
しかし、何が1番これほどの高い疾病率や更には、高い死亡率を引き起こしているのかというとそれは、これらが人生の早い段階で始まるからなのです
50%が14歳までに。75%が24歳までに発症します。全く事情が別だ。と考えてください。例えば、がんや心臓病。糖尿病。高血圧等の重篤な病気は、疾病や死因となりうる多くの疾患とは全く違います。
まさに若い世代の慢性疾患なんです。ここまで私は精神障害について話しました。「心の病」についてです。実際には、この言い方は最近あまり使われなくなっています。
理由は様々ですが「行動障害」の方が公正な表現であり、行動の障害を「心の病」をとしています。いいでしょう。それらは「行動障害」であり、「心の病」でもあります。
しかし、ここで私が伝えたいのは、そのどちらの用語も1世紀以上も前から存在し、それが進展の妨げとなっています。ここで私達がやるべき事はこれらを「脳の障害」だと見直す事です。
脳の話は、決して表面的でもなければ、単純な還元主義的な話でもありません。
もちろん、話の規模やその範囲によっても違ってきますが、しかし、脳は、実に複雑な臓器でその研究方法でさえ、やっと分かり始めてきたのです。大脳皮質には1000億の神経細胞があり、また100兆のシナプスで脳の機能を結合させています。
我々は探り始めたばかりです。どうやって?この複雑な情報処理器官を解明すればいいのか?そして、我々の「心」を支えているこの複雑な脳をどう「心」で理解できるのか?
これはある種の進化における残酷ないたずらです。自分たちの脳を解明する頭脳を我々は持っていないんです。
ある意味こう感じる事があるでしょう。実際に観察のできる行動や認知など、安全な領域の研究をしている。それは、今、我々が探り始めたこの非常に複雑で不可解な器官と比べるともっと単純で還元主義的だと感じるでしょう。
さて、先程から話している「脳の障害」ですが、うつ病や強迫性障害、PTSD等に関して言えば、私達は、脳内でどんな異常な処理が行われているのか?病気にかかっている間、脳がどう機能しているのか?
深く理解していない一方で私達はすでに、これらの障害のある人の脳の中で何らかの異なる結合が起きていたり、あるいは異なる回路を持っているという事が分かっています。
これをヒト・コネクト-ムと呼んでいます。コネクト-ムとは、脳の神経回路図だと思ってください。これについては、また説明します。
重要なのは、これら「障害」がある人を見た時に私達の5人に1人が何らかの症状に悩んでいるのです。
脳にたくさんの種類の回路があるようにその症状は様々です。しかし、予測できる特徴があり、それがいずれかの「障害」の危険因子です。大脳皮質の一部がダメになる
ハンチントン病やパーキンソン病。アルツハイマーとは、少し考え方が違います。まるで、交通渋滞のような物です。あるいは、遠回りだったり、脳の回路に問題がある場合や機能の仕方の問題です。
もう少し深く掘り下げてみましょう。統合失調症という「障害」を例にとってみます。統合失調症は「脳の障害」だと考える重要性を示しやすいのです。
なぜ?これが重要か。まず、脳の障害において、行動に変化が表れるのは最終段階なのです。アルツハイマーやパーキンソン病。ハンチントン病は症状が行動に表れる10年以上前に脳に変化が表れるんです。
現在、テクノロジーによって私達は、より早く症状が表れる前に脳の変化を突き止める事ができます。
しかし、もっと大事な事があります。最初の話に戻りましょう。医療における良いニュースは、早期発見や早期治療です。心臓発作が起きるまで何もしなければ、私達は毎年この国の110万人の命を犠牲にしてしまうのです。
それが、今日の現状です。脳の障害や回路の異常がある人は、行動障害があるのだと決めつけています。症状が表れるまで待っていては遅いのです。それでは、早期発見にも早期治療にもなりません。
確かに、準備は整っていません。全てが解明できたのではなく、どんな手段を用いるかも全ての病気に対して、行動障害が現れる前に厳密に何を診れば良いのかも分かっていません。
しかし、この事は病気についてどう考えるか?どこに向かえばいいのか示してくれています。
2018年現在では、サピエンスは20万年前からアフリカで進化し、紀元前3万年に集団が形成され、氷河のまだ残るヨーロッパへ進出。紀元前2万年くらいにネアンデルタール人との生存競争に勝ち残ります。
そして、約1万2千年前のギョベクリ・テペの神殿遺跡(トルコ)から古代シュメール人の可能性もあり得るかもしれないので、今後の「T型オベリスク」など発掘作業の進展具合で判明するかもしれません。
メソポタミアのシュメール文明よりも古いことは、年代測定で確認されています。古代エジプトは、約5千年前の紀元前3000年に人類最初の王朝が誕生しています。
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