Musonio Rufo regresó en el año 68 cuando Marco Antonio Primo, general de Vespaciano marchaba sobre Roma, uniéndose a los embajadores que fueron enviados por Vitelio.

Sin embargo, uno de los méritos mas importantes de Musonio Rufo sin lugar a dudas es el haber sido maestro de Epícteto, cuyas enseñanzas se encuentran en un Enchiridion o manual, y sus discursos editados por su discípulo Flavio Arriano.

Según Dión Casio, el político e historiador romano, Musonio insinuó a Vespaciano la conveniencia de desterrar a los filósofos de Roma, en razón de su arrogancia y autosuficiencia, por lo que según la misma fuente, todos los filósofos sufrieron exilio en el año 71 salvo él, y aunque este hecho no está confirmado, Musionio sufrió exilio en el año 75, pudendo volver solo a la muerte de Vespaciano en el año 79.

Su filosofía en la mayoría idéntica a la de su pupilo Epicteto, está marcada por una fuerte tendencia pragmática. Aunque no despreció la lógica ni la física, se centró en la ética, y mantuvo que la virtud es el único objetivo real del hombre, siendo esta virtud no teórica sino práctica, e idéntica a la filosofía en el verdadero sentido de la palabra. La persona realmente buena, es también verdaderamente filosófica.

Los estoicos son especialmente conocidos por enseñar que “la virtud es el único bien” para los seres humanos, y que las cosas externas como la salud, la riqueza y el placer, no son buenas o malas en si mismas, pero tienen valor como “material para que la virtud actúe”

Después de su regreso del exilio en el año 79, poco se sabe de Musonio Rufo, salvo que murió antes del años 101, en donde Plinio el joven, abogado y escritor de la antigua Roma, se refiere a él como si ya no viviera.