RaC Hands-on Blog

De todas formas, como Git sigue siendo lo que es, guardando su gran potencial, vale la pena saber cómo trabajar en consola PERO acomodando su entorno de trabajo de la mejor manera para que sea productivo, fácil y eficiente. Aquí van unos datos que me parecen muy útiles para la configuración del entorno Git para trabajo por consola:

Activar colores

Tan simple como ejecutar el comando:

git config --global color.ui true

Añadir un log más limpio

Siguiendo algo que encontré hace unos días en https://coderwall.com/p/euwpig, estoy usando un maravilloso log mucho más resumido y claro que el clasico log de git. Para instalarlo:

git config --global alias.lg "log --color --graph --pretty=format:'%Cred%h%Creset -%C(yellow)%d%Creset %s %Cgreen(%cr) %C(bold blue)<%an>%Creset' --abbrev-commit --"

y para ejecutarlo:

git lg git lg -p

Es solo de probar y se entiende la diferencia.

Herramienta externa para merge

No olvidar instalar una herramienta externa para hacer merge. Mis ejemplos clásicos son: WinMerge para Windows y Meld para Linux (seguro que los que Vim dirán que todo se puede en consola .... pero toma su tiempo acostumbrarse). Luego no olvidar asignar ese programa en la configuración de git:

git config --global merge.tool meld

1- In the Virtual Machine, as root user :

yum update yum clean all reboot yum install fedup fedup-cli --network 18 --debuglog feduplog.log

In the guide said that it was better to put a permissive mode in SELinux but I don't know if it is necessary. To do this:

setenforce 0 getenforce

2- After the reboot, select the System Update in the Grub menu.

3- A new reboot happened and in my case I obtained only a panel with the Fedora logo and the login panel didn't appear at once. :( There is a solution !! :)

Reboot again the VM. In the new Fedora 18 entry on Grub click e to edit the boot options. Add the number 3 al the end of the linux line. F10 to continue. If everything goes well, you would login as root. Try lo launch X11 with startx command. Maybe you will obtain the following error at the end:

Failed to load module vboxvideo

To solve this problem, run this command:

/etc/init.d/vboxadd-x11 setup

Et Voilà!!!

After reboot, the login panel should appear again.

Hope this work for you.

1- Install and configure 'Web Server' and MySQL Database

Using yum I installed the following packages:

$ sudo yum groupinstall "Web Server" $ sudo yum install make automake gcc gcc-c++ kernel-devel $ sudo yum install mysql-server mysql-devel

Enable services to be launched at system start-up and run them

$ sudo chkconfig httpd on $ sudo chkconfig mysqld on $ sudo service httpd start $ sudo service mysqld start

Verify that everything is working

$ sudo service httpd status $ sudo service mysqld status $ mysql --user root --execute "select version()" Configure database root password and basic stuff. Leave the test database in order to make tests with django.

$ sudo mysql_secure_installation

I wanted to put my applications in the $HOME/public_html of an user so I changed the config of the server to use the web user directories. For that:

$ getsebool -a | grep httpd $ sudo setsebool -P httpd_enable_homedirs on # Read and make the modifications in the file /etc/httpd/conf.d/userdir.conf and restart the web server $ sudo service httpd restart

Create public_html folder and assign permissions

$ mkdir ~/public_html $ chmod 711 ~username $ chmod 755 ~/public_html

2- Install and configure Python, virtualenv, and Django

Normally, global things with yum and easy_install and local ones with pip

$ sudo yum install python $ sudo yum install python-setuptools python-devel $ sudo easy_install pip $ sudo pip install virtualenv

Defining a virtualenv

$ mkdir ~/public_html/testAppDjango $ cd ~/public_html/testAppDjango $ virtualenv env --no-site-packages $ source env/bin/activate $ pip install django -U $ django-admin.py startproject testproject $ cd testproject $ python manage.py runserver 8000 

By now it should run. Stop the server and continue

3- Configuring connection to MySQL and the mod_wsgi

$ pip install MySQL-python $ sudo yum install mod_wsgi $ python manage.py startapp testapp

# Modify the settings.py as follows:

- In DATABASES > 'ENGINE' : 'django.db.backends.mysql', 'NAME' : 'test', 'USER' : 'root', 'PASSWORD' : 'password', 'HOST' ; 'localhost', 'PORT' : '' - Activate admin in installed_apps (make the same change in the urls.py file). The ones who knows a little bit of Django, knows what I'm talking about. Now, use your editor to create the following file. The most important one.

$ gedit /etc/httd/conf.d/testApp.conf

Insert the following text:

WSGIPythonPath /home/username/public_html/testAppDjango/testproject:/home/username/public_html/testAppDjango/env/lib/python2.7/site-packages <VirtualHost *:80>     WSGIScriptAlias / /home/username/public_html/testAppDjango/testproject/testproject/wsgi.py     Alias /static/ /home/username/public_html/testAppDjango/testproject/testproject/static/     Alias /media/ /home/username/public_html/testAppDjango/testproject/testproject/media/     <Directory /home/username/public_html/testAppDjango/testproject>     <Files wsgi.py>         Order deny,allow         Allow from all     </Files>     </Directory>     <Directory /home/username/public_html/testAppDjango/testproject/testproject/static/>         Order deny,allow         Allow from all     </Directory>     <Directory /home/username/public_html/testAppDjango/testproject/testproject/media/>         Order deny,allow         Allow from all     </Directory> </VirtualHost>

Synchronize the database and see what happens in the browser http://localhost

$ python manage.py syncdb

NOW IT SHOULD WORK BUT .... A 500 HTTP ERROR APPEARED IN THE BROWSER :(. Look in the Apache error log:

$ sudo less /etc/httpd/logs/error_log

In my server logs appeared the following #$f..ck@ error:

Error Loading MySQLdb module: /home/username/public_html/testAppDjango/env/lib/python2.7/site-packages/_mysql.so: failed to map segment from shared object: Permission denied 

After a deep search on Google and some hopeless guides that told difficult things to recompile libraries and all that stuff I found that this problem is related to a security system included in Fedora the SELinux. Some people have deactivated it and their apps work, but my production server can't be modified in that way so other guy's guide  and a little troubleshot in a website gave me some useful commands:

$ cd /home/username/public_html/testAppDjango/env/lib/python2.7/site-packages/ $ ll -Z # The _mysql.so file shoud appear as a lib_t not a httpd_user_content. # With the following it tells that is a shared lib: $ chcon -t shlib_t *.so

NOW FOR ME IT WORKED!!

Next, do some important things to display the website correctly and to maintain it:

$ cd ~/public_html/testAppDjango/ $ pip freeze > requirements.txt $ cd testproject/testproject $ mkdir static $ mkdir media $ cp ../../env/lib/python2.7/site-packages/django/contrib/admin/static/admin/* .

1- Cambiar a modo de adaptador en la configuración de red de la máquina virtual. Asignar como modo Bridge (Puente) y seleccionar como Name (Nombre) el que corresponda al dispositivo de conexión inalámbrico o conexión por cable (yo intenté con los dos porque no sabía exactamente cual era el adecuado).

2- En la máquina virtual, dejar lo más pública posible la máquina. Verificar Firewall especialmente. 

3- Preguntar la ip por ifconfig o ir a la página http://whatsmyip.net/. 

4- Si se tiene otro servidor web ejecutándose (como Apache) en la máquina virtual, detenerlo. Esto se puede verificar y realizar con los siguientes comandos como superusuario:

sudo service httpd status sudo service httpd stop

5- Ejecutar el servidor de desarrollo de django como de costumbre, pero asignar como ip 0.0.0.0 y pueto 80, es decir:

python manage.py runserver 0.0.0.0:80

6- Volver a la máquina real y acceder desde el browser al servidor utilizando la ip identificada en la máquina virtual.

1- Agregar el PDF a Dropbox, preferiblemente en una carpeta dedicada que tenga los documentos públicos.

2- Entrar al sito web de Dropbox para obtener el link al documento agregado. Para esto se debe ir a la carpeta dedicada, ubicar el archivo y dar click sobre el boton de Compartir. Esto abrira una ventana que permite (en la parte superior) descargar el PDF. Dar click derecho sobre este botón y copiar el link de descarga.

3- Luego vamos a Google Sites a embeber el PDF. Desde el espacio de edición de una página en Google Sites, agregar un iframe. Este se puede encontrar en Insert > More gadgets > Include gadget (iframe). Esto permitirá asignar una URL (URL to content) en la que se va a copiar lo siguiente:

http://docs.google.com/gview?url=<URL_copiada_desde_Dropbox>?token_hash=AAEhf9JkB4-FJ4vnibtoKLqmKu1BdpbySJ_Iv7v8Gk0ACw&dl=1&embedded=true

NO hay que poner los símbolos de mayor que, menor que. Solo la URL.

4- Asignar un tamaño y configurar las propiedades y listo !! 

5- Para mostrar un ejemplo, ir a mi página en la sección de Proyectos. Ahí los PDF's están desplegados usando esta opción. El rendering al inicio es lento pero luego se ve muy bien.

Como ya está mencionado en el título, Paraview me sorprende una vez más permitiendo hacer todo esto de una manera muy sencilla y rápida. De aquí en adelante mi guía para resolver este problema utilizando Paraview:

- Datos de entrada: Imagen original en formato MHD/MetaImage (en mi caso el tipo de dato es unsigned short, pero puede ser cualquiera) . Imagen binaria de la segmentación en formato MHD.

  Pasos a seguir

  - Abrir la imagen original y la imagen segmentada en Paraview (i.e. abrir el archivo MHD). Ya estando abiertas Paraview visualizar el resultado con técnicas clásicas como VR, o extraer una iso-surface. Ver por ejemplo la siguiente imagen.

Izquierda: Volume rendering de una imagen de tomografía (aneurisma en arteria cerebral). Derecha: Iso-surface de la segmentación del aneurisma (naranja) y de la arteria (azul)

  - Dar click sobre la imagen original en el Pipeline Browser. Luego,  agregar un Programmable Filter (Filters / Data Analysis / Programmable Filter).

  - En las propiedades del filtro verificar que: Output Data Set Type, Same as Input. Agregar el siguiente Script de VTK en Python:

input = self.GetInputDataObject(0,0)

output = self.GetOutputDataObject(0)

output.ShallowCopy(input)

output.GetPointData().GetScalars().SetName("OriginalValues")

Este script permite cambiar el nombre del arreglo de datos de la imagen. Este es asignado por defecto y para las imágenes MHD siempre se inicializa con el mismo nombre: MetaImage. Esto se puede verificar en la vista Information / Data Arrays.

  - En el Pipeline Browser seleccionar el Programmable Filter Y la máscara de segmentación (se pueden seleccionar dos objetos a la vez usando la tecla Ctrl). Luego, utilizar el filtro Append Attributes (Filters / Alphabetical / Append Attributes). En el ultimo objeto del Pipeline Browser que fue generado por el Append Attributes, se puede verificar que ahora tenemos un mismo objeto con el arreglo de datos de la segmentación y el arreglo de datos de la imagen original (verificar en la vista Information / Data Arrays).

  - Teniendo seleccionado este ultimo resultado, añadir el filtro Contour (Filters / Alphabetical / Contour equivalente a la extracción de una Iso-surface).  En las propiedades de este filtro, seleccionar en Contour By el arreglo de datos de la segmentación, es decir MetaImage. 

  - Finalmente en la vista Display podemos asignar una tabla de colores definida por el rango de valores de la imagen original. Para esto asignar en Color By:  OriginalValues. La tabla de colores puede ser modificada en cualquier momento al hacer click en Edit  Color Map...

Superficie de la segmentación de la arteria con los valores de la imagen  original sobre la superficie. En la parte superior se ve la zona en rojo donde está  ubicado el aneurisma. Se puede hacer un análisis de la validez de  la segmentación (sobre-segmentado o sub-segmentado) a lo largo de la arteria.

   - MeVisLab: herramienta de prototipado rápido para visualización y tratamiento de imágenes, especialmente enfocado en imágenes médicas. Util para toda prueba rápida de algoritmos de procesamiento de imágenes. Arquitectura orientada a eventos con respuesta inmediata ante los cambios en los parámetros de los filtros.

   - FreeCAD: herramienta CAD open-source para el modelado en 3D. No tengo mucha experiencia en su utilización, pero en este proyecto es muy práctico para la conversión de una malla de triángulos a un formato de solidos (IGS/IGES). También tiene una interfaz de análisis de las propiedades de las mallas que permite modificar y reparar problemas en el mallado. 

  - Blender: herramienta para el modelado libre de objetos en 3D. Util para pasar filtros sobre las mallas, e.g. decimation, smooth, binary operations, entre otros. Util para la edición por puntos, aristas o caras de una superficie. Se puede utilizar para leer y convertir archivos STL y PLY.

   - VTK: lenguaje open-source para visualización de datos. En este caso utilizo el código comentado previamente en este blog para la rasterización de una malla en una imagen binaria. El código lo ejecuto en Linux con la versión de VTK 5.6

   - vtkSurface-DiscreteRemeshing: código bajo licencia CeCILL B desarrollado en el laboratorio CREATIS por Sebastien Valette. Permite una regeneración correcta de una superficie con una cantidad definida de elementos. Conserva la topología de la malla con las mejores propiedades de la misma. Para más información ver el artículo:

" Approximated Centroidal Voronoi Diagrams for Uniform Polygonal Mesh Coarsening", Valette & Chassery, Eurographics 2004

  Problema:

Se tiene una malla de triángulos en formato STL generada y editada por un tercero (que tiene problemas en su mallado según los análisis realizados en MeshLab y FreeCAD) que se quiere llevar a un programa de simulación de fluidos como ANSYS. Este programa normalmente recibe las mallas generadas en aplicaciones CAD, simulando la creación de un objeto sólido. Es por esto que se requiere pasar de una malla de triángulos a un mallado de un sólido como lo realiza una aplicación CAD. 

Hay que indicar que casi todas las herramientas CAD son considerablemente costosas y con restricciones en sus licencias. Como prueba en esta solución se utilizan herramientas libres u open-source para obtener el resultado. Sin embargo, hay que admitir que muchos problemas aparecen en el camino. Por ejemplo:

  - La malla tiene problemas desde el inicio. Las herramientas detectan dichos problemas pero el resultado tampoco es bueno: genera más huecos en las superficies, self-intersected faces, vertices repetidos, ...

  - La interacción en cada programa es siempre diferente y trabajar en 3D no es del todo sencillo. 

  - Los programas suelen terminar la ejecución antes de tiempo, aunque dan una idea de el error que los hizo terminar (las aplicaciones cerradas no dicen los errores)

  - No todos los programas importan y exportan en los mismos formatos, por eso hay que saltar de uno en otro.

  - La construcción de mallas puede ser completamente diferente dependiendo del algoritmo utilizado. Es mejor asegurarse desde el momento de la generación de la malla que realmente corresponde a un resultado correcto para tener un 

  Solución:

  Opcion 1:

   1- Pasar la malla de STL en formato VTK con ParaView. 

 2- Ejecutar el código en VTK de rasterización para generar una imagen binaria: lo que está dentro de la malla en 1 y lo que está por fuera en 0.

 3- En algunos casos la imagen generada tiene pequeños problemas (que dependen de las condiciones iniciales de la malla), por ejemplo aparecen huecos al interior del objeto. Para esto utilizo MeVisLab para aplicar un procesamiento rápido sobre la imagen (operaciones de morfología matemática).

 4- Ejecuto un pipeline simple en VTK que consiste en leer la imagen, pasar por un filtro suave gaussiano (sigma:0.25), y obtener una primera malla escalonada con vtkMarchingCubes con un isoValue de 128. Luego utilizo el vtkPolyData resultante como entrada al código de vtkSurface de DiscreteRemeshing. Aquí defino la cantidad de objetos suficiente para representar la malla. Guardo el resultado en formato VTK.

 5- Abro el archivo VTK en ParaView para convertirlo en PLY (ParaView en algunos casos me ha causado problemas al momento de guardar un polydata directamente en STL).

 6- Abro el archivo PLY en MeshLab. Como la malla fue generada con MarchingCubes desde una imagen que tocaba los limites (boundaries) de la imagen, quedan unos huecos en las partes de la malla que tocan la caja englobante. Por esto, utilizo el Edit/Fill Hole de MeshLab con un tipo de llenado Trivial. Guardo el resultado en el mismo PLY.

 7- Abro FreeCAD. Activo la vista Architecture. Creo un nuevo documento, importo la malla en formato PLY. Puedo revisar si me interesa las propiedades de la malla en la vista Mesh. Finalmente en el menu Architecture/ Conversion Tools/ Mesh to Form. Luego de unos minutos de procesamiento, seleccionar la forma generada y Exportar como archivo IGS/IGES :-)

  Opcion 2: 

  Se podría hacer lo mismo descrito previamente automatizando algunas partes de conversión de archivos y quizas desarrollando algunos filtros en VTK. Igualmente, se puede evitar el uso de vtkSurface y utilizar Blender para el lisado de la malla. Hice algunos intentos que no me dieron un resultado completamente bueno, pero es probable que funcione de la misma forma.

  Ca y est !!! It's done !! Finalmente se puede llegar a un resultado tan agradable como el que muestro a continuación:

  Left: In red, original mesh. In gray the PLY mesh created before the IGS mesh generation.  Right: The IGS/IGES mesh 

 1- Descargar TortoiseGit-1.8.3.0-64bit.msi y Git-1.8.1.2-preview20130201.exe

 2- Instalar TortoiseGit normalmente.

 3- Ejecutar el instalador de Git. Seleccionar las opciones de 'Use Git Bash Only' y de 'Use OpenSSH'. La segunda viene siendo bien importante.

 4- Colocar la llave SSH (id_rsa) en la carpeta .ssh que debería estar localizada en el directorio del usuario, e.g. C:\Users\myUser\.ssh\id_rsa (la carpeta .ssh puede ser facilmente creada por línea de comandos lanzando un  mkdir .ssh)

 5- En la configuración de TortoiseGit, ir a Network, y asignar como 'SSH Client': C:\Program Files (x86)\Git\bin\ssh.exe

 6- Intenta un clone o un push o cualquier cosa que tenga acceso al servidor. Va a preguntarte tu contraseña de la llave SSH y ... now it works!

 Nota: Otras posibilidades para acceder a Git son:

      - La consola de comandos 'Git bash' instalada con Git

      - Con Eclipse (personalmente me gusta esta): Import,  'Projects from Git', URI. Es importante confirmar en Window -> Preferences -> General -> Network Connections -> SSH2 que el cliente SSH está accediendo sin problema a las llaves disponibles en el sistema.

Enjoy it !!

A. Primero se deben borrar las particiones que quedan en la USB

  1. Abrir terminal y entrar como superusuario (escribir su)

  2. Revisar los nombres de los discos y sus particiones: fdisk -l 

  3. Entrar a la revisión del disco: fdisk /dev/sdX (reemplazando X por el nombre del disco. en caso USB, normalmente sdb)

  4- Escribir d y proceder a borrar las particiones (en mi caso habían 3: sdb1, sdb2, sdb3)

  5- Escribir 1 para borrar la primera partición. Borrar las otras dos.

  B. Crear nueva partición

  1- Escribir n para crear la partición

  2- Escribir p para hacer una partición primaria

  3- Escribir 1 para indicar que es la primera partición y aceptar el tamaño por default.

  4- Luego pregunta el espacio de la segunda partición, asignarlo por default (el resto de espacio del disco)

  5- Escribir w para escribir la info de la nueva partición a la USB

  6- Desmontar el disco con: umount /dev/sdX1 (reemplazando X por el nombre del disco. en caso USB, normalmente sdb)

  C. Asignar la partición a formato FAT

  1- Escribir mkfs.vfat -F32 /dev/sdX1 (reemplazando X por el nombre del disco. en caso USB, normalmente sdb)