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Nas linhas que partem dos terminais Sapopemba/Teotônio Vilela, Sacomã e Campo Limpo a numeração das linhas já segue a nova numeração da cidade dividida em nove áreas (ex. o que era anteriormente área 4 (quatro) e também parte da área 3 (três) agora é área 5 (cinco)).

A verdade é que com a mudança de onde ficam as áreas (antigamente era diferente de como é hoje em dia), e com a mudança na codificação no número das linhas, atualmente não há nenhum padrão nas linhas da cidade de São Paulo. As mais recentes, como as do Terminal Campo Limpo por exemplo (citado acima), seguem o novo padrão de numeração, porém linhas criadas na década de 70/80/90 seguiram um outro padrão de numeração, e hoje ainda mantêm o mesmo número (para não haver confusão para os passageiros antigos da linha), o que faz com que não seja possível identificar o trajeto de uma linha, por exemplo, baseando-se nas explicações acima.

Existem também as linhas ambientais. Recebem esta denominação por ter seu TP (Terminal Primário, mais conhecido como ponto inicial) em área de preservação ambiental. Atualmente exsitem apenas na área 6, e partem dos terminais Varginha, Parelheiros e Grajaú (apenas uma). A Numeração é 6L0X (6 - Área) e (L - Linha ambiental), seguindo um padrão que se adequa ao atual, os dois números finais são para diferenciar as linhas. Exemplos de linhas ambientais: 6L01 (Term. Varginha - Eng. Marsilac), 6L05 (Term. Parelheiros - Barragem), 6L11 (Term. Grajaú - Ilha do Bororé), entre outras. Marsilac, Barragem e Ilha do Bororé, por exemplo, são locais que ficam em área de preservação ambiental (inclusive é possível observar placas indicando isso nas vias pelas quais passam estas linhas).

Além dos 4 primeiros algarismos, ainda há um código que vem depois do número da linha (existente nas placas com itinerários ao lado da porta de entrada), que especificam o tipo da linha, como é o caso da linha 702P. A linha principal é a 702P/10 (Terminal Penha - Pinheiros). Sua variante é: ), 702P/41 (Belém - Pinheiros). Linhas principais geralmente são retratadas sem o código /10 (quando se diz "702P", refere-se à linha 702P/10). Geralmente usam o código após a linha apenas quando ele é /2x, /3x, /4x ou /5x, que não são muito comuns, a maioria das linhas não possui variações. A linha derivada não pode possuir mais ônibus que a linha principal. (...)"