Gravemente enferma con neumonía, el 13 de Julio de 1954, Frida falleció en la Casa Azul en Coyoacán, siete días después de su 47° cumpleaños. La causa de su muerte fue oficialmente “embolia pulmonar”, aunque los pensamientos suicidas expresados en su diario hicieron pensar que se suicidó, pero nunca se pudo confirmar ya que no se le hizo una autopsia. La tarde de ese día, su ataúd fue colocado en el vestíbulo de entrada del Palacio de Bellas Artes, custodiado por la guardia de honor, y se cubrió con una bandera del Partido Comunista Mexicano. Rivera dio permiso de que le colocaran la bandera roja, estampada con la hoz y el martillo. Este acto causó mucha controversia, y el antiguo compañero de colegio de Frida, Andrés Iduarte, se vio obligado a dimitir de su posición como director del Instituto Nacional de Bellas Artes. La guardia de honor se mantuvo un día y una noche. Al día siguiente, más de seiscientas personas habían pasado para darle su último adiós a Frida. Seguido por una procesión de quinientas personas, el ataúd se llevó por las calles hasta el crematorio, en donde amigos y familiares se habían concentrado. Una vez Frida expresó: “Cuando muera quemen mi cuerpo… no quiero ser enterrada. He pasado mucho tiempo acostada. ¡Simplemente quémenlo!”. Y de acuerdo a su deseo, su cuerpo fue incinerado en el Crematorio Civil de Dolores. Cuando Frida entró en el horno, el intenso calor hizo que su cuerpo se sentara, su cabello en llamas resplandecía alrededor de su cabeza formando una aureola, mientras sus labios parecieron esbozar una sonrisa. Sus cenizas se exhiben en la Casa Azul de Coyoacán, el lugar que también la vio nacer. Las cenizas fueron depositadas en una urna pre-colombina que Diego envolvió en un paño rojo y llevó al crematorio. Mientras ponía las cenizas en la urna, Diego expresó sus últimos deseos a los asistentes que le acompañaban: “No tardaré mucho el unirme a Frida… he guardado esta urna durante algún tiempo para nuestras cenizas”. Tres años después, Diego Rivera falleció y fue sepultado en la ‘Rotonda de los Hombres Ilustres’ en la Ciudad de México. Su última voluntad y el testamento, especificaban que su cuerpo debía ser quemado y sus cenizas mezcladas con las de Frida para guardarlas en la Casa Azul, pero fue contrariado por sus dos hijas y su actual esposa, quienes decidieron que era mejor para el país que fuera enterrado en ese lugar. Rivera regaló la casa al gobierno mexicano para que se convirtiera en un museo y cedió todos los derechos de su obra así como los de Kahlo a la nación de México. En Julio de 1958, la Casa Azul se abrió al público oficialmente como el ’Museo Frida Kahlo’.
