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從1995年的押井守用世宗正郎的漫畫《攻殼機動隊》故事原型拍出動畫電影以電腦機械的概念闡釋人為何物的概念，以及我們人所面對的危機。

而在當時的年代，一般大眾都還沒普遍的使用電腦且使用時也只能使用Dos打入簡易的程式（在當時我也才5歲，而已且小學三年級才碰到電腦），但押井守便能預想到未來，並且將故事架構在人們軀體都以機械化，且能夠靠網路分享各種資訊，而現代許多令人稱讚的電影及發明似乎都能夠看到電影裡的概念及裡頭所出現的產物。押井守甚至預見了未來在第一部開頭時寫道“在不久的將來，企業網路將遍佈全球，光與電子穿梭於萬物之間，國家和民族將會被訊息和情報給掩埋至消失於近未來之中”他猜想的未來也確實的成為現今的狀況，不禁讓人覺得他是個預言哲學家， 在面臨4G來臨的現代，我們更加實體的成為了法蘭克福學派中的“文化工廠”中的工廠運作流程之一，我們被媒體及網路的各種訊息所控制，我們不需太多的思考，只要照著主流的思考行動。而在我們追求主流的同時也意味著我們放棄了本來只屬於我們自身的事物及過去，而國家和民族的自體認同感也隨之消失，我們無從分辨自己的民族與國家和他者有何不同，只能一昧的喊著愛國愛台灣愛國家企業這種毫無由來的話語確認我們的存在（當有人質疑這有何意義時就將會被群眾議論，卻無心討論面對我們是被主流國家取代和掩埋卑躬屈膝的當個第三世界國家的廉價勞力的窘境問題），但存在的就只剩下全球性的企業品牌新產品的發表及在國際間的富商們流動的金錢，所有的科技產品也都取代了我們的手、眼、腳和感知並流入龐大的網路之中。

而攻殼機動隊討論的就是我們所面對的危機。而九年後的2004年，科學又更加卓越的進步，當時的我們科學已開始試著將情感身體等都用數學計算出，於是押井守在第二部標題便寫道“如果我們的神和希望都不過是科學現象，那麼我們也必須承認我們的愛也是科學現象吧－利爾亞當「未來的夏娃」”他用第二部的標題替第一部下了新的註解。

從第一部開始說到我們能夠成為獨立個體，靠的是記憶跟回憶，但我們的記憶往往是最不可靠的。我們卻依靠此而生存確定自己的存在，可是或許我們所生存的一切都是如泡沫般的幻影不是真實的。早已失去動物所擁有的本能，那身為人類的我們該依靠的就竟是什麼？又該依靠什麼來確認我們是確實活在這個世間呢？接著在第二部裡又將生命的問題問得更深，人在創造機器人的同時是否企圖想成為神？在創造出機器後的工業時代至我們生活的新自由主義時代，在過往人們靠著身體的付出獲得應有的代價，但現代的我們所付出的跟獲得的事物早已不成正比，我們覺得獲得的總是少於所想要擁有的，但實事上往往都是擁有的早已超出我們生理所需求的。在這人妄想想成為神的年代，不斷想推翻並將所有事物數值化，甚至是我們的身軀及所擁有的一切情感這都將被數字所記算出來。這一切都超出神所給予的，且在數值化的同時我們也必須不得不更質疑自己身為人的存在是否為真（延續了第一部的問題）。

攻殼故事中有個大前提，故事裡頭並沒有完整的人，人們都如同電腦一般有屬於自己的主機體並連結於網路之中，而人們將主機體的概念稱為“ghost”，而它包含了兩個對立的概念，一者是笛卡兒(René Descartes)的心物二元論(mind-body dualism)二者是Gilbert Ryle為駁斥心物二元論而提出的《心之概念》中的「鬼魂在機器中」（ghost in the machine），笛卡兒的心物二元論提出了身體與心靈和肉體之分，人在死後仍然擁有靈魂。但隨著科技進步，此論點便不斷的被提出質疑，對Ryle來說心屬於實體的，便就不可能有靈魂的存在。而是應該包含在肉體之中，死亡就包含了全面性的消失。所以他認為笛卡兒犯了根本上的「範疇錯置」認為靈魂的存在是認知上的錯誤，並以「鬼魂在機器中」的論點證明靈魂並不存在。而《ghost in the shell》以此為故事的出發來提出反思與辯論，故事裡也將人類電子腦中的終端機稱之為“ghost“，不過主角們講到靈魂的同時卻以魂（たまし）一詞稱呼，也呼應了這兩者概念在其中是並存的但互相矛盾的狀態。

OP（日本制作動畫的習慣，會以片頭音樂時段裡確立故事的風格）裡告知觀者們的我們主角草薙素子是全義體化的機械人並在片頭結束後切換成素子忽然在一片漆黑中驚醒動了動手指起身有所沈思最後開起窗簾看著繁華卻空虛的大都市的畫面仿佛在確認自己是否還存在外頭是否如以往一般在確認之後人起身離去而畫面鏡頭依舊維持在原處就如同舞台劇一般，其實這樣的畫面場景在押井守早期的充滿實驗性質動畫《御祖先萬萬歲！》中就能看到。且能夠在場景中清楚地描繪出素子的不安，她開始懷疑她自身存在與過去，若自身的存在並非為實，只是電子計算中所虛擬出的性格，並非實體的誕生在這個社會, 那她自身的存在又究竟為何？

這個自我又是有可能存在的嗎？不斷對“我”是誰提出質疑跟批判，人類為了方便連接於網路於是腦部都被改裝成電子腦，記憶是隨時都有可能被侵略改寫的，兩位被傀儡師改寫過去記憶的角色作出更明顯的陳述，一者是垃圾清潔員工，他以為自己擁有一對妻小本來過這快樂的家庭但卻面臨離婚，於是他遇上好心的工程師教他如何超控使用終端機入侵窺看妻子的ghost，值得一提的是清潔員懷抱愉悅心情期待窺視妻子的概念就如精神分析中的男性凝視的窺視癖（voyeurism）以此喪失妻子的全力鞏固自我的男性定位。二者是位善於隱藏的國際殺手及駭客並教導前者使用，並極力守護侵略國家網路的秘密，但真正的事實卻是前者根本就未曾結婚不曾有過孩子，可他所做的這一切卻是為了這一切不曾有過的事物甚為淒涼，而這樣被篡改似曾擁有的過去也將忘也忘不掉難過地說道「該如何忘記這樣的夢」。後者則是人生完全被改寫為全然不同的兩者他失去了所有的過去忘記所有的根源，巴特也在裡頭說出「沒有ghost的傀儡真是可憐，尤其是還流著紅色的血」，「因為電腦的普及使記憶得以儲存於外部的那時起，你們就應該更認真思考生命的意義才對。」，而這兩句話就同導演對現代這世代的我們的譴責，人們對於科技越是進步對於原有的想法越是扭曲，人們可以依自己的需求改變神所給予的身體、自我的樣貌、身體的機能代謝、生命的長度，只要科技能夠做到的人們就會想盡辦法去達成，仿佛這才是生命的內核而這都要感謝科技的恩賜。就如同尼采所說的上帝已死的概念，舊有的道德價值早已失去而我們現有的信仰早已成為空泛。當我們提及神的時候究竟該如何面對，畢竟我們早已背棄了神甚至想取代神的存在。

從這中也看出押井守提出了一個假設的問題，若人已並非已用過往的方式簡易區分時，故事中人的軀體義體化與電子腦的質疑了Gilbert Ryle的論點若軀體不在只能擁有一副而是可以不斷的汰換時，那我們是否能夠認為那塊被拋棄的舊軀殼是“我”呢？而現存擁有全新軀殼的我不在是我呢？這樣的疑問也慣穿了整部片的故事中心，素子她為了確認自身的“我“是否存在時，會以潛水確認自我是否存在亦或是活著。她說「我感到恐懼憂慮孤獨，黑暗或許還有希望。」潛水時的痛苦成為他確認自己存在的依據，她需要不斷的確認，而浮出海之時就是能感受到重生的時刻。叔本華曾說到一個人的痛苦跟他的生存意志的深度成正比，或許人類的生存意志愈強，自己就過得愈痛苦。在尼采的論點裡也積極肯定痛苦的積極意義。而這也呼應了押井守關於人的存在的哲學論點，我們越是痛苦的自我探討是否存在之時事實上我們的能夠感受到更深層的希望。而非表面上的慾望。素子在潛水之時所感受極大痛苦，才能夠感受再浮出水面那一刻感受到極大的喜悅。

「人要成為人需要相當多的零件，為了讓自己成為自己，所需要的東西也多得嚇人，其中每一部分都要有千差萬別，才得以構成迴然不同的人，用來與他人區隔的臉和臉不會衝突的聲音、起床時凝視的手掌、小時候的記憶、對未來的預感…不只是這些還有我的電子腦可以存取到的龐大資訊以及廣大的網路這些都是我的一部分在孕育出稱為“我”的這個意識，同時也將我限制在某個範圍內。」素子看到被傀儡師入侵的義體時再度提出了更深的質疑，對於全義體化的自我究竟自己是否還存在，甚至是懷疑現在的自我都是寫好的虛擬電子程式的虛擬人格，也許“我”自身本來就從未存在過， 那對於“我”的那些記憶是否也未曾存在？而那凝視的手掌跟與人有所不同的聲音當發現有如同於“我”的人時又將該如何繼續不再是屬於自己的“我”的這個意識又會是什麼呢？而故事裡又提出了“我們如今透過鏡子觀看所見模糊不清…. ”一句叔本華所說的話語，試圖告訴我們厘清這個問題的途徑，世界是人的表像，我們所能看見的事物都只是表象而已，人所認識的一切事物並不是本身存在的。而是存在人的表象，也就是意識中的東西。世界上的事物相對於人存在的。意識僅僅是心靈的外表，我們對心靈正如我們對地球一樣不認識內部，必須靠理智引領著我們的意志。因此我們應該認為我們所擁有的身軀都只是表象，我們所認定的事物也不過是都是在外在的，我們的存在應該由內在的意志去定義。意志才是人的本質，世界的本質。

(故事中場景轉換時出現與素子十分相像的女子)

傀儡師要求人類認可它也是個完整的生命體時，人們感到憤怒不能理解，認為這不符合自然的原理，但它講道「所謂的生命就好比出現於資訊洪流中的節點，物種的生命擁有稱為基因的記憶系統，人類只是藉著記憶才有所謂的個人存在。」而傀儡師的誕生也是如此並無異，只是在於它是誕生於網路洪流之中的生命，傀儡師的存在及請求也確實得替生命的可能性提出了新的註解。

在素子追回被奪走的傀儡師時，被裝甲機攻擊在攻擊素子的同時又摧毀了許多有象徵性的圖案，這也如同象徵了遠古時的爬蟲王者因過於龐大而被地球所毀滅，剩下的生物也不斷透過死亡繁殖演化身為人類，人類透過不斷的進化成為了現在這個地球的王者，但我們卻從未以王者之姿保持地球的和諧，而是不斷的盡人類所能破壞我們所生存的環境，且已成為頂端的我們依舊不斷追求進化。我們縮短演化的進步，用科技追求我們所想要的，而生命樹的存在也在此被破壞殆盡。但傀儡師為了讓自我的生命更加擁有完整性，要求與素子結合，讓自我的生命擁有新的延續，不再只是單純的複製拷貝，讓生命有更多的可能性多樣性變化性，因為它了解沒有新的改變就終將會被毀滅。就如同生命物種的演變，現代所存活的生物們都是經過不斷的演變所延續至今。素子在過往所希望擁有的自我限制了自身於軀體之中。而還未發現當我們開始思考自我的存在的同時「自我」的概念就將會有所改變，在故事中不斷地如黑格爾的證辯法般提出正和反來不斷反覆辯證交和，故事中的“正”為九課夥伴巴特、德古沙，而“反”則為秘書、清潔人員與駭客殺手，“合”則為傀儡師。正的一方為相信肉體的存在與象徵（指Gilbert Ryle的心之概念或是科學為主體的物理論(physicalism)），反則象徵了對於存在的質疑（指出對記憶的過往提出質疑）。 素子在進入傀儡師內在時，素子也被傀儡師所侵略，透過這段畫面也透露出兩者互為鏡子實體和虛像的意象。就如同奇士勞斯基Kyzystof Kieslowski的《雙面維若妮卡》The Double Life of Veronique, 1991一般，薇若妮卡的其中一者因為相遇而面臨死亡，表達了兩者間的相遇所造成無形的結合而這結合讓她成為更純粹的自我，而工殻則是用更直接的模式表達這概念來暗喻這兩者的結合，而這也是動畫才有可能有的表現手法。傀儡師告訴素子希望保持自我的“我執”一直在限制自己，要知道我們連接在龐大的網路上自身不過是其中的一小部份。從未感知過的你也許只能感知其為一道光芒。吾等均曾束於一隅故需彼此比鄰而連，我們一切的集合體雖只依附於些微的機能，攀離枷鎖，深入更高層的構造（屏棄侷限的肉體化為意識的存在。）透過與傀儡師的結合，素子找到了全新的可能， 捨棄”自我”的追求。而融合也有可能為印度教性力派的意涵，透過兩者的融合得到宇宙的永恆、精神的解脫，素子擺脫身為人的框架，成為更高層面的精神意志。而在素子融合時得到全心意志的畫面超現了天使降臨， 素子也在這時露出仿佛前所未有般非表層而是精神深度最內在的喜悅。

素子在超脫自我之時，肉體被外在損壞，也象徵了他擺脫了軀體，往上昇華為全精神的層面。而在這也跟慾望之翼（Der Himmel über Berlin）這部電影產生了對比，慾望之翼往下成為了人類，但在攻殼中卻放棄為人而向上發展為絕對的意志的精神成為母體之一，這或許兩者之間的提問跟批判。當人類想超越神用科技質疑神存在的時後我們是不是還值得成為那天使一心想成為的人？而將自我的抽離留下意志本身或許也是最能夠靠近世界本質的時候。

而最後故事的結尾切換鏡頭轉換也似乎玩味性地出現如《2001太空漫游》男主角最後進入空間中看著自己不斷老化的畫面，而攻殻結尾裡素子與傀儡師融合後在巴特的房間所醒來時畫面也仿佛素子本身看著自己，在慢慢從孩兒的義體中醒來。這也似乎隱喻著素子也經歷了如尼采“精神三變”：他的查拉圖斯特拉如是說提出的一個概念。以三種生物：駱駝、獅子、嬰兒來譬喻人類精神的變化。精神會由駱駝變成獅子，再由獅子變成嬰兒。駱駝代表的是背負傳統道德的束縛，獅子則是象徵勇於破壞傳統規範的精神，最後的嬰兒則是代表破壞後創造新價值的力量。（維基百科）運用這樣的鏡頭如實地暗喻了素子最後成為全新自身，並以新生之姿出現，且拋棄了過往的一切束縛，甚至連巴特也必須捨棄，當巴特希望素子留下時她說道：「那句話的前面是這麼說的，當我是孩子的時候，言語像孩子，想法也像孩子，爭論起來像孩子，既然長大成人，就該把孩子的想法捨棄了。這裡沒有被稱為傀儡師的程式，也沒有被稱為少校的女子，」過去的那個素子將不存在，但卻不代表現在的他就不是素子，而是重新昇華的全新意志。巴特與素子兩人間非肉體的情愫，也只留下屬於兩人共通記憶的密碼。而這串密碼也成為第二部裡一個重要的兩者聯繫。而第二部也將第一部的哲學探討帶領到另一個層面。