Es wurde von zahlreichen Behinderungen und Unregelmässigkeiten berichtet. Die ELN hat einen Soldaten getötet, während er ein Wahlbüro in Antioquia bewacht habe. Die Armee habe die Situation sofort unter ihre Kontrolle gebracht und die Wahl sei ungehindert fortgesetzt worden. In mehreren Departments mussten die Urnen aufgrund von Auseinandersetzungen bereits vor dem offiziellen Ende der Wahl geschlossen werden. Es wurde von Angriffen auf Wahllokale berichtet und dass Wahlzettel vernichtet und ganze Urnen verbrannt worden seien. Im Cauca wurde nach andauernden Auseinandersetzungen zwischen Sympathisanten verschiedener Kandidaten und dem Militär an den Wahllokalen eine Ausgangssperre bis Montag morgen verhängt und es kam zum Einsatz von Tränengas durch das Militär. Die Wahlbeobachter hatten sich aus dem Ort aus Sicherheitsgründen bereits am morgen des Wahltags zurückgezogen, bestätigt eine Sprecherin.  

Um die Sicherheit während der Wahl zu gewährleisten, waren bereits von Freitag 18:00 bis zur Schliessung der Wahllokale am Sonntag um 16:00 alle Landesgrenzen für 48 Stunden geschlossen worden und das „ley seca“ im gesamten Land von Samstag Mittag bis Sonntag abend durchgesetzt, dass den Verkauf und Konsum von Alkohol, das Mitführen von Waffen und Versammlungen verbietet.

Da bereits die Monate vor den Wahlen von politischer Gewalt, Verstrickung der Wahlkampagnen in Parapolitik und illegale Finanzierung, Stimmkauf und Unregelmässigkeiten im Wahlgang überschattet waren, sind internationale Beobacher in die besonders risikoreichen Regionen entsendet worden. Die internationalen Beobachter wurden angeleitet von Guatemalas ehemaligen Präsident Álvaro Colom. Präsident Juan Manuel Santos stellte in allen 32 Provinzen des Landes Minister und Vizeminister zur Aufsicht über die Wahlen ab.

Wie telesur kurz vor dem Wahlsonntag berichtet, wurden 152 Kandidaten Verbindungen zu kriminellen Banden nachgewiesen. Laut kolumbianischer Wahlaufsichtsbehörde (MOE) würden weitere Verbindungen vermutet, gegen 300 Kandidaten Untersuchungen geführt. Die Behörde konstatiert, dass weiterhin Paramilitarismus die Demokratie im Land gefährde. Zudem seien vor dieser Wahl bereits 161 Gewalttaten gegen Wahlkandidaten verzeichnet worden. Bereits vor dem Wahlsonntag waren mindestens sieben Kandidaten ermordet und weitere entführt worden. Gegen 157 Kandidaten gab es Morddrohungen. In 438 Gemeinden wurden im Kontext der Wahlen Gewalttaten, organisierte Verbrechen und Waffenhandel verzeichnet und ein hohes Risiko von Gewalt während der Wahlen vermutet.

Der Stimmkauf ist weiterhin ein gravierendes Poblem, Santos rief dazu auf, Stimmkauf zu melden. Menschen an den Wahllokalen erzählen, dass in ihren Wohnvierteln auf Wahlkampfveranstaltungen Geld für Stimmen übergeben worden sei und je nach Partei und Viertel eine Stimme zwischen 8 und 20 Euro koste. Auch weiterhin gängig ist die „transhumancia“, das Anmelden zur Wahl ausserhalb des Wohnbezirks. Obwohl diese Täuschung strafbar ist, wurden vor allem in Wahlbezirken am Atlantik zahlreiche Fälle des Wahlbetrugs gemeldet.