#osaka_prml_reading

#osaka_prml_reading というグループでオンライン (Skype) 開催されている「IPythonデータサイエンスクックブック オンライン読書会」に参加しようとしたのですが， Skype チャットに行ってみても誰もいなくて参加に失敗したみたいのなので，一人で勉強会を開催してみました。この勉強会は

IPythonデータサイエンスクックブック ―対話型コンピューティングと可視化のためのレシピ集

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を読み進めていく勉強会となっています。この本自体は，題名通り IPython の便利技集となっており，IPython を使っているなら読んでおいても損ではないのですが，最新の IPython 4 ではそのまま使えない技もいくつかあって，一人で読んでいると罠にはまることがあります。今回私が参加しようとした「IPythonデータサイエンスクックブック オンライン読書会」の範囲も，本のサンプルが IPython 4 で動かないので，本記事でメモしておきます。ただし私が読んでいる本は，上に示した翻訳版ではなく，原著版を英語で読んでいます。このため，本記事の内容は翻訳版と違うところがあるかもしれないことをご承知おきください。

IPython Interactive Computing and Visualization Cookbook

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レシピ 5.11 MPIを使ったIPythonの並列実行

今回の勉強会は，「5.11 MPIを使ったIPythonの並列実行」から始まる予定でした。

Install MPI

まず，IPython で MPI を使えるようにパッケージをインストールする必要があるのですが，本の内容そのままでは標準の Conda パッケージがインストールされています。この標準のパッケージはパッケージングに問題があるようで MPI がどうも正常に動かないので，次のようにしてインストールします。

conda install --channel mpi4py mpich mpi4py

Install ipyparallel

IPython 4.0 では ipyparallel は別パッケージとなっているので，追加でインストールする必要があります。

conda install ipyparallel

Edit ipclusterconfig.py

c.IPClusterEngines.engine_launcher_class は MPIEngineSetLauncher とします。

--- /Users/tnoda/.ipython/profile_mpi/ipcluster_config.py.orig 2016-07-02 22:05:35.000000000 +0900 +++ /Users/tnoda/.ipython/profile_mpi/ipcluster_config.py 2016-07-02 22:07:51.000000000 +0900 @@ -147,7 +147,7 @@ # or: # # ipcluster start --engines=MPI -# c.IPClusterEngines.engine_launcher_class = 'LocalEngineSetLauncher' +c.IPClusterEngines.engine_launcher_class = 'MPIEngineSetLauncher' # The number of engines to start. The default is to use one for each CPU on your # machine

修正が必要がなのはここまでです。これ以降の手順は，本の記載に従って実行すれば動きます。

Create MPI Profile

!ipython profile create --parallel --profile=mpi

Create Client in the notebook

import numpy as np from ipyparallel import Client c = Client(profile = 'mpi') view = c[:] view.scatter('a', np.arange(16., dtype='float'))

実行結果:

<AsyncResult: scatter>

Compute

%%px from mpi4py import MPI import numpy as np print(MPI.COMM_WORLD.allreduce(np.sum(a), op=MPI.SUM))

実行結果: