Oct 22, 2013
【Software】MrBayes 指令番外篇-如何自動停止，中斷繼續跑!
MrBayes是個貼心的軟體~說明書一開始就有個"Quick Start"教你怎麼跑~
先前的版本只要遇到當機、停電、任何原因中斷程式，就得重跑...對於我們這種要跑幾個禮拜，甚至幾個月的資料...真的是一大痛處!
MrBayes 3.2 說停止不用再怕了!!
只要再次叫入檔案! 設定好參數! 然後，用mcmc append=yes 來執行
他就會把舊資料叫出來繼續跑! 開心!!
當然有先決條件，
1. 要有達到Checkfreq的次數，產生.ckp的檔案才能繼續跑~ 在mcmc的指令中有Checkfreq的預定值100000
2. 繼續跑的samplefreq必須跟先前的一樣~
另一個超好用的是~
以往設定ngen幾次跑完後，他會問你Continue the analysis? (yes/no) 這就一定要顧在電腦前面，直到值夠低可以收資料時...
這個指令很好用，mcmc裡的，Stoprule=yes Stopval=0.05，預定是NO
這樣他就會在跑到低於0.05時停下來~ 但是如果先跑到你設定的ngen時也會停下來問你yes or no
