#cytomine

2. Конфигурация Cytomine

Открыть файл configuration.sh в текстовом редакторе.

Настройка ссылок

Для запуска Cytomine необходимо настроить ссылки:

CORE_URL ссылка на основной Cytomine сервер.

IMS_URL ссылка на сервер изображений.

UPLOAD_URL ссылка для загрузки новых изображений.

CORE_URL, IMS_URL и UPLOAD_URL эти ссылки ДОЛЖНЫ быть разными доменами. Как пример, cytomine.domain.my и cytomine.domain.my/ims не будет работать, т.к. это один домен, зато cytomine.domain.my, cytomine-ims.domain.my, ... являются правильными ссылками.

Организуйте доступность установленной системы:

Для организации общего доступа, создайте DNS записи и сделайте доступными порты HTTP(S) (80/443) для адресов ваших хостов. Обычно это делают администраторы.

переменные $CORE_URL, $IMS_URL and $UPLOAD_URL должны быть заменены на ваши значения. Для локальной установки, откройте файл /etc/hosts в текстовом редакторе и добавьте например такие записи: 127.0.0.1 localhost-core 127.0.0.1 localhost-ims1 127.0.0.1 localhost-ims2 127.0.0.1 localhost-upload 127.0.0.1 rabbitmq

В Mac OS, запустите run sudo killall -HUP mDNSResponder после изменения /etc/hosts update.

Настройка путей на диске

Все пути указанные в файле конфигурации в разделе PATH должны существовать, в нашем случае должны быть проброшены из Докера.

Другие настройки

О других настройках можно почитать по этой ссылке.

3. Запуск Cytomine

Для инициализации вашего конфигурационного файла. Запустите:

bash init.sh

Затем запустите запуск Cytomine

sudo bash start_deploy.sh

В первый запуск будет произведено скачивание необходимых компонентов, это может занять значительное время, всё зависит от скорости соединения.

4. Первый запуск

Для входа в Cytomine необходимо в браузере набрать ссылку, которая была указана в переменной CORE_URL (в примере localhost-core). По-умолчанию в системе создана учетная запись admin . Пароль к этому аккаунту генерируется случайным образом. Посмотреть сгенерированный пароль администратора можно в файле configs/core/cytomineconfig.groovy для этого можно набрать команду:

cat configs/core/cytomineconfig.groovy | grep adminPassword

При первом входе желательно изменить пароль администратора.

Изменение конфигурации

Если вам необходимо что-то изменить в файле configuration.sh необходимо после манипуляций снова проинициализировать систему, запустив:

bash init.sh sudo bash restart.sh

Остановка сервера

Для остановки Cytomine запустите скрипт clean_docker_keep_data.sh он остановит все докер контейнеры.

sudo bash clean_docker_keep_data.sh

Сервер будет остановлен, но все данные (базы данных и изображения) останутся

Если что-то не заработает:

1) Если хотите использовать вместо 80 порта другой нужно сделать следующее:

1.1. В файле configuration.sh:

Найти строку и поменять по подобию:

CORE_URL=хост:порт

1.2. Запустить:

sudo bash init.sh

1.3. Добавить в файл configs/core/cytomineconfig.groovy строки:

grails.plugin.springsecurity.failureHandler.ajaxAuthFailUrl = "${grails.serverURL}/login/authfail?ajax=true"

grails.plugin.springsecurity.failureHandler.ajaxAuthFailUrl = "${grails.serverURL}/login/ajaxSuccess"

1.4. В файле start_deploy.sh найти и заменить строку:

-p 80:80 \

на

-p порт:80 \

2) Если пароль не будет подходить: