【Software】BEAST 到底怎麼做出一棵tree? 算分歧時間?
BEAST (Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees)，這個軟體的中文資料真的很少~
怎麼對岸鄉民不愛嗎?
官方網站在這：http://beast.bio.ed.ac.uk/Main_Page
其實他不難，只是要操作要先把說明書看完...他沒有貼心的簡單步驟~
他是JAVA軟體，所以有時候會挑電腦...通常更新JAVA就可以用了~
非常有趣的是，我在另一個軟體中發現他的操作步驟~肯定無法理解為什麼這軟體這麼好心XD
RASP (Reconstruct Ancestral State in Phylogenies) http://mnh.scu.edu.cn/soft/blog/RASP/
RASP是一套頗新的軟體~結合演化樹檢測族群擴張、收縮、滅絕等等，很有趣的功能，有興趣的應該試試!
以下是中文說明~
跑BEAST
1. 先用BEAUti設定參數
2. 點選File > Import Alignment 叫你的NEXUS(.nex)檔案進來 (用序列轉檔超好用網頁! fas 轉 nex~ fasta 轉 nexus~ 的轉檔方式可以在這個程式用喔!)
3. 成功叫進去後會發現，其實他有很多參數可以設定，自己去看看說明書吧! 其中MCMC的length of chain就是你要跑幾次拉~原始設定是10000000~ 這個取決於你的序列數量以及資料的好壞，數量越大就要跑越多次，當然就是試試看囉~ 你也可以跑完後看他的變動，變動太大非常有可能次數不夠高!
4. 設定完後按右下角的Generate BEAST file，存在BEAST的資料夾裡較好~存出來的副檔名會是.xml~
5. 執行BEAST~ 選擇剛剛設好參數的檔案，Random number seed通常他都幫你設好了~ 然後就run吧!!
6. 看他有開始數數0...1000...2000就是成功開始跑了~ 如果停在某個地方，沒有數數，就是有error，仔細看看他跟你說哪裡有error，通常是有地方設定錯了，回去修改通常就可以了~
7. 跑完會有 .log 跟 .tree 兩個檔案才對喔!!
用Tracer看log檔
8. 官網上有Tracer的載點~http://beast.bio.ed.ac.uk/Tracer 下載後打開他吧! 英文教學http://beast.bio.ed.ac.uk/Analysing_BEAST_output
9. File > Import Trace File 選.log 的檔案，Tracer可以叫入多個.log檔，也就是你可以跑好幾個再把他們組合起來~ 通常我會跑了三個穩定的資料組合在一起~Tracer只能看，要用LogCombiner組喔!
10. 成功叫進去先看，左邊那欄的ESS(Effective Sample Size)，低於100會是紅字，100-200會是黃字，跟你說變動太大了~不可信拉~~
11. 再點ESS紅字數值，看右欄的tarce，只要ESS是紅字變動就會很大~(下面有教你怎麼讓ESS長高)
用TreeAnnotato看tree檔
12. BEAST有附帶小程式叫TreeAnnotato，打開他!
13. 輸入Burnin以及Posterior Probability，Burnin就是一開始跑的幾次變動很大的不要了~ Burnin一般都設定10-25%，這裡的Burnin不是length of chain的次數，是有幾棵樹， 如果length of chain是10000000，每跑1000收一筆資料，那你總共有10000棵樹，Burnin就設1000-2500~
14. 選擇Input Tree File，就是跑出來的tree檔。
15. 選擇Output File，自己決定名稱位置。
ESS紅字很多怎麼辦?怎麼增加?
軟體的建議有四個~
1. 提高MCMC的length of chain
2. 提高 sampling frequency (要注意的是樹太多TreeAnnotato可能會無法跑完)
3. 多跑幾筆資料再Combine起來 (用附贈的小軟體LogCombiner)
4. 調整BEAUti中Operators為auto-optimization (但是我發現在程式預設就已經勾選了耶!)
還有很多參數設定跟之後的換算都還沒有搞懂壓~
其實他網站有很多資料可以翻~有些東西不好找得認真翻翻!
