Heterokonta, el reino naranja
Los heterocontos o estramenopilos (Stramenopiles) son uno de los grupos con mayor diversidad de especies. Podemos encontrar tanto organismos unicelulares como pluricelulares abarcando varios nichos. Una característica de la mayoría de las especies de este grupo en al menos alguna de las etapas de sus ciclos vitales es la presencia de dos flagelos diferenciados, uno con mastigonemas (proyecciones similares a cerdas de cepillos) y otro liso y menos desarrollado.
Dentro de los Heterocontos podemos encontrar organismos autótrofos unicelulares como son las diatomeas (Bacillariophyceae), las cuales pueden encontrarse flotando sobre la columna de agua (planctónicos) o en el lecho de los cuerpos de agua (bentónicos) y pluricelulares como feofíceas (Phaeophyceae) llamadas comúnmente algas pardas. Algunas de ellas, tales como Laminaria sp. se encuentran sujetas al sustrato, un caso similar pasa con Macrocystis sp., con la única diferencia de que esta cuenta con neumatocistos en la base de sus láminas, estas estructuras le ayudan con la flotabilidad, manteniéndola erguida. Ambas especies conforman los denominados bosque de kelp. Por otra parte, algunas especies de feofíceas como el sargazo (Sargassum sp) se encuentran flotando libremente gracias a los neumatocistos con los que cuenta.
Una característica muy llamativa que presentan los heterocontos autótrofos es la presencia de clorofila a y c,la cual se cree que es producto de la fagocitación y endosimbiosis de los cloroplastos de las algas rojas en algún momento de su historia evolutiva.
Por otro lado, podemos encontrar organismos heterótrofos como los Opalinos (Opalinata) donde encontramos a Protoopalina, los cuales son comensales dentro de los intestinos de algunos organismos como anfibios o reptiles y también organismos saprofitos y parásitos como son los Oomicetos (Oomycetes), organismos morfológica y ecológicamente similares a los hongos pero que no guardan ninguna relación con ellos, como es el caso de Peronospora sp.
La reproducción en estas especies puede ser tanto asexual como sexual y en el caso de las feociceas se presenta la alternancia de generaciones, es decir, que las formas haploides y diploides son pluricelulares y de vida libre.
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